基地航空队在2016年春活首次实装，攻略E3关卡后可以解锁第一航空队，攻略E4关卡后可以解锁第二航空队，攻略E5关卡后可以解锁第三航空队。在活动页面的左下角有下图的图标，点击后即可对基地航空队进行编辑。

在标有“基地航空队运用”图标字样的活动海域出击后，可以选择航空队的打击目标点，不过由于航空队有行动半径限制，低于行动半径的话无法出击。

每个航空队可以选择两次，选择同一目标会出现集中字样，出现的飞机数量会增加。战斗中航空队会最优先发动开幕空袭。

在基地航空队可以配置舰陆、舰局、舰战、舰爆、舰攻、瑞云系、水侦系、二式大艇这几种舰载机，其实就是说目前绝大多数的舰载机都可以配置（观测机和指挥机不可）。不过所有飞机只有对空、爆装、雷装、命中可以发挥效果。

每个航空队可以编入四格飞机，每格飞机共12架，跟空母系的编入大致相同。

熟练度在航空队中同样发挥作用，而且对暴击伤害加成更高，命中也有提升。

更换飞机会导致被换掉的飞机处于【配置转换中】的状态，无法编入航空队中，一定时间后解除（体感20分钟左右）。拖动格子内的飞机到外面可以解除该格飞机，但会导致该格进入【配置转换中】的状态，需要一段时间才能解除。

切换飞机时会根据放入的飞机扣铝。侦查系飞机每格消耗飞机类型x4的铝量，非侦查系每格消耗飞机类型x12的铝量。建议除练飞机熟练度外，不要经常切换飞机，小编给两个编队换个阵容就消耗了近千铝……

频繁出击会导致航空队中的飞机黄脸或红脸，命中大幅下降，所以出现黄脸或红脸就选择【休息】吧，一定时间后恢复状态。

航空队一旦在目标点进行打击就会消耗油铝资源，被敌方航空队阻击会导致飞机破损，修复也会消耗油铝，不过敌方航空队只会对航空队中的第一格飞机造成伤害。