口袋妖怪友谊系统是在第六世代中出现的一种可以增进与口袋妖怪友谊的功能。可以用过触屏抚摸口袋妖怪、给口袋妖怪喂食。一般体型的口袋妖怪只占了下面的屏幕，体型较大的口袋妖怪，例如卡比兽和班吉拉，就占了两个屏幕，但是镜头的位置可以通过触屏进行移动。当口袋妖怪和主角的感情较好时，在对战中，就会回过头来看主角，等待主角下达指示。

口袋妖怪友谊系统主选单

 

亲密度

通过和口袋妖怪增进友谊来加深主角和口袋妖怪之间的感情，当两者之间的感情达到一定程度时，口袋妖怪在对战中的活跃度将会大大提升，更容易避开对方的攻击和更容易击中对方的要害。由情感的影响而触发了命中要害、躲避行为和恢复异常状态时，口袋妖怪头上会飘出一颗爱心，屏幕上也会出现特殊的说明文字。 另外，伊布进化成妖精类别也需要2心以上的亲密度才行。

注：此亲密度非彼亲密度，可以在友谊系统中查看到。

当亲密度达二颗心时

口袋妖怪在战斗时会抖动身体，较容易命中要害和躲避敌方的攻击。 伊布亲密度达二颗星且学会妖精系技能后可进化为仙子精灵。

当亲密度达三颗心时

口袋妖怪在战斗时会跳动，并且更容易命中要害和躲避敌方的攻击。

当亲密度达四颗心时

口袋妖怪在战斗时会回头看一下主角，并且更容易命中要害和躲避敌方的攻击。

当亲密度达五颗心时

口袋妖怪在战斗时会回头看一下主角，非常容易命中要害（C值+1）和躲避敌方的攻击，并能够在回合结束时有概率恢复异常状态，处于睡眠状态时能够更早醒来。且附带振奋精神的头布（气息头巾）的效果。 在单打对战每个回合结束前若按著下萤幕，会抚摸口袋妖怪的头部并让享受度提高。 

来访者

通信或连上互联网后，别的玩家的口袋妖怪会进入小屋，并有几率成为一员。当小屋内有点心时，口袋妖怪加入的可能性更高，一个小屋一次只能进入三位来访的客人。

三位来客到齐后，离开时会给主角留下一个礼包，礼包内可能是家具贴纸或点心等等。当有新的来访者时，未收起来的的礼物箱会转移入小屋内。小屋最多可以存放5个礼包，超过数目的礼包会被下一礼包取代。如果小屋内有点心，来访者会食用一次。每来一次来访者，点心的大小会减小一圈，点心的质量越高，食用的次数也越多。

来访者的留言会以提示框来显示，对话的契合度由高到低决定了招待用的点心的质量好坏。来访者的友谊度越高，或相同属性的口袋妖怪越多，对话的气氛会更加的活跃，离开时留下的礼包也会越高级。从每组来访者出现到收到礼包的时间大约为1分钟，当下屏显示的不是房间画面或正在与其他角色对话时，小屋会暂停计时。 

触摸

在口袋妖怪友谊系统中有多种的抚摸口袋妖怪的方式。通过触摸屏和触屏笔可以抚摸到游戏中主角拥有的口袋妖怪。有些口袋妖怪身上有着敏感区域，如果抚摸这些区域将可能使口袋妖怪生气。触摸会消耗口袋妖怪的愉悦度，但同时也能增加亲密度。

喂食

通过左上方的点心按钮，可看到已有的点心，将其中一个挪到口袋妖怪嘴的附近后，口袋妖怪会食用它，通过点心可以增加口袋妖怪的满腹度与亲密度。

当口袋妖怪快要吃饱的时候，吃东西会明显出现缓慢的感觉，再进行喂食的话就会摇头拒绝。跟口袋妖怪玩游戏，可以快速减少饱食度。

有一部分的口袋妖怪在设定上是不食用食物的，这部分的口袋妖怪无法喂给点心。 

游戏

跟口袋妖怪做游戏是获得点心的最快途径，也能提高口袋妖怪的亲密度，降低其饱食度。游戏分为三种，一个是连连看，一个是音游，还有一个拼图。前面两者难度不高，拼图则需要浪费很多时间，小编比较中间的音游，选择困难难度通常都可以拿到五个点心。